Rašeliniště pod Trojanem je přírodní rezervací od roku 2021, ačkoliv hodnota této lokality je známá déle. Chráněné území o rozloze necelých 13 hektarů se nachází v údolní sníženině mezi lesnatými úbočími Holubovska a Trojanu v nadmořské výšce kolem 590 m. Středem rezervace protéká Jiřínský potok. Vyskytuje se zde soubor přírodně cenných biotopů, zejména nevápnitá mechová slatiniště a přechodová rašeliniště, vegetace vysokých ostřic, vlhké pcháčové louky a smilkové trávníky. Rostou zde například ostřice zobánkatá a ostřice Hartmannova, zábělník bahenní, suchopýr úzkolistý, vachta trojlistá, prstnatec májový, prstnatec Fuchsův, violka bahenní, čertkus luční, kozlík dvoudomý, všivec lesní a další druhy. Na vegetační formace je vázána řada bezobratlých, například vodomil Crenitis punctatostriata a potápník Ilybius crassus. Z řady druhů motýlů jde o ohniváčka modrolemého, perleťovce kopřivového a zřejmě nejcennější je výskyt ohroženého hnědáska rozrazilového, který se živí kozlíkem dvoudomým. Z větších živočichů se zde můžeme setkat s ještěrkou živorodou, ropuchou, skokanem a mnoha druhy ptáků, od drobných pěvců, přes bahňáky (bekasiny, sluky) a kachny až po vzácnější dravce (krahujec, včelojed) a majestátního čápa černého. Právě bekasina otavní je silně ohroženým druhem ptáka, který nejčastěji hnízdí na pravidelně sečených rašelinných a podmáčených loukách.
Už od roku 1988 je chráněným územím přírodní památka Kozének, která byla postupem času rozšířena z původních 10 hektarů na současných téměř 20 hektarů. Jde o jeden z nejvýznamnějších komplexů řídkých krátkostébelných acidofilních trávníků na území Kraje Vysočina. Území má dlouhou pastevní minulost, bývalo historicky paseno i hovězím dobytkem. Aktuálně je udržováno kombinací seče, pastvy ovcí a podzimního přepásání. Reliéf přírodní památky má podobu mírně se svažujícího plochého vrchu okolo kóty 381 m n. m. Dominantou lokality je usedlost Kozének, která však je z chráněného území vyjmuta. Z botanického pohledu patří mezi nejvýznamnější početná populace vstavače kukačky a koniklece velkokvětého. Roste zde rovněž chráněný lomikámen cibulkatý, křivatec český a řada vzácných a ohrožených druhů rostlin – hvozdík Pontederův, modřenec chocholatý, čilimník řezenský, mák polní, mochna písečná, sesel sivý, ožanka kalamandra, vzácnější rozrazily – r. Dilleniův, r. rozprostřený, r. klasnatý a další. Rostliny hostí pestré spektrum hmyzu a dalších bezobratlých. Ze vzácných a ubývajících motýlů zde byli zaznamenáni modrásek kozincový, modrásek jetelový, okáč medyňkový, soumračník čárkovaný, dále též celoevropsky chránění ohniváček černočárný a přástevník kostivalový. Vyskytuje se zde rovněž řada významných druhů blanokřídlých – zednice Osmia tergestensis, kutilky Oxybelus mandibularis, Spilomena mocsaryi a Lindenius pygmaeus armatus, zlatěnka Chrysis germari, hrabalka Dipogon subintermedius nebo pískorypka Andrena denticulata. Zajímavý je též výskyt početné populace vzácné saranče malé. Na lokalitě se lze rovněž pravidelně setkat s různými druhy ptáků, pro které je hmyz podstatnou částí jejich potravní základny.
